Если вы совмещаете облагаемые и не облагаемые НДС операции, вам следует вести раздельный учет «входного» НДС. Определяя его порядок, не забудьте установить правила распределения налога и для периодов, в которых нет отгрузки, или есть выручка только от облагаемых или только от необлагаемых операций (Письмо Минфина России от 26.09.2014 № 03-07-11/48281).
О том, когда обязанность вести раздельный учет не возникает, см. в нашем материале «Когда раздельный учет «входного» НДС не ведется?»